同一個事件也造成本省教派和外省教派分裂。是1965年的基督教來台100周年紀念活動。一開始長老教會和外省教會合作密切,但在普世教協事件後外省教派就悉數退出,只剩長老教會獨力舉辦。國民黨政府也藉此掌握了比較不聽話的教派清單,並且開始跟監、騷擾、攔截長老教會刊物等的打壓手段。到了七〇年代是長老教會和政府正面衝突的開始。七〇年代台灣遭遇外交上的重大挫折,國內外都有不少抗議行動,長老教會的三篇重要宣言也因應時代而生。分別是:
一、1971年的〈國是聲明〉:台灣退出聯合國,提出對政府的建言。
二、1975〈我們的呼籲〉:針對長老教會的台語聖經遭到沒收事件的回應。
三、1977〈人權宣言〉:傳出中美建交消息時的宣言。(也是日後廣為傳頌的名句:「促請政府值此國際情勢危急之際,面對事實,採取有效措施,使台灣成為一個新而獨立的國家。」的出處)