面對此一危機,日本佛教界展開了多層次的回應。他梳理出三個遞進的階段:首先是井上圓了以西方哲學方法重新詮釋佛教,創立哲學館(東洋大學前身),在《顯正活論》中以哲學證明佛教為真理,主張新佛教應成為護國愛理、開明世界可以接受的宗教。其次是中西牛郎提出更為激進的主張——他同時研究佛教與基督教,提出「宗教進化論」,認為應當建立一個融合佛教與基督教的全新宗教,徹底取代舊佛教。最後,由境野黃洋、高島米峰等人組成的「新佛教徒同志會」則在批判中西牛郎的基礎上,確立了新佛教的定義:摒棄舊佛教的迷信與繁瑣儀式,以理性的自由研究探究佛教真義,強調個人信仰、重視社會參與,並堅持政教分離。