1990年代中期，因應解嚴後蓬勃開展的臺灣主體性研究，臺大校內出現了設立專門機構，來統合各學門關於臺灣的文學、文化與社會現象之觀察討論的呼聲。在中文系張亨教授的起倡、柯慶明教授的主事推動下，「臺灣文學研究所」於2004年8月正式成立，招收碩士生。
臺文所身為文學院中的獨立研究所，承接1928年創立之臺北帝大文政學部的文學史書寫、多族群文化景觀之學術視野與文資收藏，並綜理以全校學生為對象的「臺灣研究學程」，2010年繼之設立博士課程，為臺大唯一以「臺灣」為教學研究領域之單位。
臺文所結合外文、中文、歷史、人類、社會等學科資源，以臺大博物館群之文獻、實物、數位典藏為根底，在歷經多重治理的時間洪流中，發展具有全球性視野的臺灣人文學研究。近年更因應人文學思潮與臺灣社會現實的變化，我們的自我定位更擴及文學史的典範轉移，暨東亞近代文化之交涉現象。
從傳統漢學的版本文獻、文字音韻，到比較文學、地域文化、混雜語言、文學社會學，以致文學研究整體的文學理論、文化批判；我們的學術關懷始終在於從語言文字系統，分析跨海而來的定居者與旅人，在歷史中所創造的島嶼臺灣文化意象、生存意識與生活內容。透過臺灣人文學科的發展趨勢、與國內外學術社群對話合作，我們致力於創造全球視野的台灣觀點與姿態，以深化文史學知，轉譯學術資源，構築具有在地經驗的台灣意識之理論地層為目標，從事不負「臺灣文學」之名的研究教學工作。