本所教學呼應當代文學評論與批判思潮，及台灣社會對於建立共通文化根基的需求，課程設計強調理論與實務並重，冀能培養具備美學感知、批判精神、主題規劃與執行能力、創作轉譯技術的專業人才，以回應國際學界、台灣社會對於文學研究的期待。
在課程結構上區分為學養、理論、主題等三大部分，碩士班、博士班分別依程度與目標而再進行設計。碩士班必修「台灣文學史專題討論」、「文學理論與研究方法」、「台灣語言概論」，博士班必修「台灣文學史料與研究文獻」、「台灣文學與文化專題研究」。並結合台大校內外教學資源，要求學生具備「台灣史」、第二外語等課程的修習基礎。
本所由專兼任教師開設之選修課程，主題涵蓋古典詩文、殖民期文學、東亞地域比較、歷史與文學、宗教小說、性別批判、空間論述與文學、大眾文化研究等層面。具體課程依專業能力區分為「文學史」、「地域文化與比較文學」、「批判理論」、「族群語言與文化」、知識轉譯與實作」五大領域。並定期開設實作課程，結合實務界創作者的經驗，在理論面與實踐面提供研究生開拓轉譯人文知識的可能性。
「既有課程」:
文學史領域 | |
臺灣文學史專題討論上(3) | 臺灣日治時期長篇小說專題(3) |
臺灣文學史專題討論下(3) | 臺日文學比較研究專題(3) |
臺灣文學史料與研究文獻(3) | 日治時期臺灣文學與社會研究(2) |
戰後初期臺灣文學專題(3) | 日治時期臺灣通俗小說專題(3) |
記憶性史料與臺灣文學史專題(3) | 臺灣長篇小說專題(3) |
戰後臺灣寫實主義小說專題(3) | 臺灣文學與宗教專題(3) |
當代臺灣後殖民小說(3) | 當代臺灣小說(3) |
現代詩專題(2)
| 臺灣現代主義小說專題討論(2) |
| 現代詩社群與詩人專題(3) |
地域文化與比較文學領域 | |
日本「外地」與臺灣文學(3) | 閩臺文學與文化關係專題(3) |
東亞歷史小說專題研究(3) | 臺、港文學關係專題(3) |
臺灣島嶼文學研究(3) 臺灣文學與電影中的日本再現(3) | 臺灣文學與東南亞華文文學(3) |
批判理論領域 | |
都市與性別研究專題(3) | 文化社會理論與專題討論(3) |
臺灣文學與文化專題研究(3) | 文學社會學專題討論(3) |
文學理論與文學研究方法(3) | 文化理論專題討論(3) |
主體性理論選讀(3) | 臺灣劇本與文化研究(3) |
臺灣酷兒戲劇專題研究(3) | 時間性與空間性理論選讀(3) |
女性主義理論選讀(3) | 當代文學思潮專題研究(3) |
怪物理論導論(3) |
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族群語言與文化領域 | |
臺灣語言概論 (3) | 臺灣原住民族圖像與文學專題:帝國之眼(3) |
臺灣原住民族圖像與文學專題:東亞之眼(3) | 番人之眼：從被看到我看(1945-)(3) |
臺灣原住民族神話與祭儀文學專題(3) | 臺灣原住民文學專題(3) |
知識轉譯與實作領域 | |
歷史敘事研究與實踐專題(2) | 臺灣文學與知識經濟：從研究到實作(3) |
臺灣文學研究方法與作家論專題(3) | 臺灣文史研究數位資源的運用與實作I(3) |
臺灣文史研究數位資源的運用與實作II(3) | 文學研究與寫作實踐一(3) |
文化研究與劇本寫作(3) | 戰後臺灣文化場域與文學生產(3) |
臺灣文學的研究與轉譯(3) | 台灣小說研究與論文寫作(3) |
臺灣文學研究與創意寫作(3) | 地方感知與知識生產(3) |
歷史材料與小說敘事(3) |
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